这时，鹿丸也到极限了，影子束缚解开，飞段和角都联合攻击，展现了恐怖的能力角都背后出来的怪物居然可以使用多种属性的查克拉。原来卡卡西打倒的只是其中一个怪物，那些怪物是用其他人的经脉系统做成的。接着，鹿丸改变策略，决定引开两人。

于是鹿丸再次上阵，成功的抓住飞段，并将他引到远处，用起爆符将他与角都隔离。可就在那一瞬间，影子模仿术到了极限，飞段拔出刀刺向鹿丸，鹿丸倒下

脸上留下一丝血迹，飞段迅速完成仪式，用刀向胸口插去，可受伤的却是角都。原来鹿丸使用了卡卡西采集的角都的血液“诅咒”的只是角都而已。卡卡西告诉角都他们低估了鹿丸，因为鹿丸不会浪费阿斯玛用生命换来的情报。

飞段还没明白发生了什么时，鹿丸跃起，用查克拉刃割向飞段，但割得过浅，飞段只是流血而已。不过飞段再次被鹿丸用影子抓住。

但这次，鹿丸查克拉的极限使飞段居然可以移动，并走近鹿丸，举起利刃向下插时，鹿丸使用新忍术影子拉近术将周围的起爆符拉拢贴在飞段身上，然后用刀启动一个机关，使飞段身下出现一个大洞。此时出现阿斯玛的幻象，他对鹿丸说，干得好，然后消失了。

鹿丸点燃阿斯玛留给他的打火机，向飞段扔去，起爆符全部爆炸，飞段被埋在深深的地洞中。

佩恩入侵

当鸣人和卡卡西他们追捕宇智波鼬失败后，回到木叶得闻自来也被佩恩杀害的消息。

因自来也死前在蛤蟆仙人森作大人的身上留下暗号，第五代火影命令鹿丸召集暗号解读班解读暗号，同时亦四处搜查相关资料。

面对鸣人就自来也之死而情绪一度低落，作为朋友及曾遭逢同遇的他，劝鸣人要振作起来，与他一样要立志成为超越先辈的忍者。

及后鸣人回到木叶，他与父亲也在迎接的群众行列内。后来与红班、凯班及阿斯玛班成员聆听了小樱出发前请求保密的事件。

佩恩六道突然袭击木叶，木叶顿时陷入混乱的局面。正在病院怀着孕的夕日红被外面的嘈杂声惊醒

正当她走出病房，这时候突然出现了畜生道的通灵兽，幸好此时鹿丸赶到，用影缝术解决了通灵出来的兽物，并承诺把她送到安全的地带，这也是为了阿斯玛鹿丸死去的老师。

接着鹿丸与木叶的忍者们继续投身到与佩恩六道战斗之中。

在第四次忍界大战爆发时候，奈良鹿丸被任命为忍界联军第4部队远距离战斗部队代理队长。

金角银角出现后，奈良鹿久派鹿丸与井野、丁次增援达鲁依，后来通过猪鹿蝶的配合成功封印金角。

后再遇角都，从角都口中得知，阿斯玛也被转生了。鹿久要求鹿丸、丁次、井野去对付阿斯玛。鹿丸果断地前去对付阿斯玛。

奈良鹿丸小组遇到阿斯玛后，因为丁次无法忍心对阿斯玛下手导致鹿丸他们无法打败阿斯玛，后来阿斯玛鼓励丁次从而丁次成功羽翼化，成功对阿斯玛封印，并得到阿斯玛的赞扬，认为鹿丸三人是完美的猪鹿蝶组合。

在忍者联军对抗外道魔像时，分析出了面具男利用金角银角收集其九尾查克拉的目的。

后来宇智波鼬对药师兜实施幻术解除秽土转生后，鹿丸作为增援部队来到鸣人所在的战场，在奈良鹿久阵亡后，继承了父亲鹿久的意志，率领忍者联军设法对抗十尾的尾兽玉，被手鞠称赞鹿丸一定能成为不错的火影因为成为火影的条件之一就是改变人心的力量。

在秽土转生的四位火影以及佐助等人赶来后，对于佐助要成为火影的惊人发言表示惊讶，随后与其他伙伴一起对抗十尾的分身。

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